もともと、栄養改善法という法律があったが、戦後の栄養失調が問題となっていた時代に作られたものであり、時代に則さないものとなってきたため、現代社会に即した内容に一新するため、2002年に新たに定められた法律が、健康増進法である。
内容としては、第1章から第4章までは新たに設けられたもので、第5章以降は栄養改善法の条文を踏襲している。
特定保健用食品（トクホ）に関しても、第26条から定めている。
さらに、2003年に改正され、ガイドラインが発表された。
虚偽・誇大広告の禁止規定も掲載されており（現在の65条）、薬機法で規定されている内容以上に拡大したテーマの内容もある。（付近ルール、あっせんルール、媒体責任）つまり、薬機法上のグレーゾーンである一部の内容が、健康増進法により明確に違法と定義された。
2009年に消費者庁の発足し、健康増進法における食品の虚偽誇大表示の管轄は消費者庁に移管された。この動きの中で、健康増進法の付近ルールや、あっせんルールは運用上薬機法に取り込まれ、薬機法の運用に反映された。食品の虚偽誇大表示は消費者庁が担当している。薬機法違反の疑いがあるものは、厚労省が指導する。
なお、対象は食品なので、美容健康器具は対象外。
